正常に終了しないケース
Windowsをシャットダウンさせた時、正常に終了できないケースがあるようです。
この現象は、そのパソコンの環境によって様々な原因がありますので、具体的にはどうしろということはできません。
一般的には、何かインストールしたソフトはないか、ということになります。
インストールしたソフトをはずして正常にシャットダウンできればそのソフトが原因です。
私のパソコンでも一度あり、Norton Antivirus 2003が原因であった経験があります。この場合には、最新版に更新し、無事解決することができました。
マイクロソフトのサポート技術情報で一部原因を公開していますので、確認してみてください。